STORY
人生にかけられた重い枷。
そこから目を逸らし生きてきた
渡守ソウシ（窪田正孝）。
贖罪、そして再生のため、
彼は世界の秘密を解き放つ。
15年前、世界各地に謎の「侵略者」が出没。日本のある集落には隕石が落下、巨大なクレーターが出現、大きな被害をもたらした。そこから人類の敵「使徒」が出現したとの公式発表が報道される。
使徒に対抗するため、特務機関「メンシュ」最高司令官、叶サネユキ（田中哲司）は部下の桜井エツコ（宮下今日子）とともに 四体の兵器『エヴァンゲリオン』を開発。サネユキは自らの息子トウマ（永田崇人）をパイロットとしてエヴァンゲリオンに搭乗させる。
幼い頃に巨大隕石事故で両親と故郷の集落を失ったイオリ（石橋静河）は、使徒がその惨劇を引き起こしたと信じ、使徒を倒すためメンシュに参加。 現在は現場指揮官として前線に立っている。
イオリのもとへ、ヒナタ（坂ノ上茜）、エリ（村田寛奈）、そしてナヲ（板垣瑞生）ら少年少女も秘密裏に配属され、彼らには任務の証としてブレスレットが与えられた。
ある朝。中学の教室にいるヒナタ、エリ、ナヲのところへトウマが現れ、彼は「僕らがやってることのすべては嘘の上に成り立っている」と言い残してブレスレットを外すと、この世界から「消失」する。
トウマの生死がわからず、それぞれに動揺する残された少年少女たち。感情をあらわにしないサネユキ。
イオリの前に大学時代の恋人だったソウシ（窪田正孝）が現れる。ソウシはイオリのことを気遣いつつ、エヴァパイロットが通う学校の臨時教師になったことを告げる。次々と襲来する使徒、パイロットたち少年少女の思いは様々に揺らぎ、思いはすれ違っていく。そして現場指揮官であるイオリも、自らのパイロットたちへの対応に疑問を持ち悩む。
そして三度目の使徒襲来で起きた意外な出来事を通じ、人々の心は大きく動き始める。真実が次々と明らかに、そして驚くべき結末へと向かっていく。
